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今天在 @NatureBiotech 上發表的工作來自 Arc 的 @LukeGilbertSF 和 @pdhsu 實驗室,提出了一種新的方法,使用工程化的重組酶將大型 DNA 序列插入基因組中,這種方法不需要切割 DNA 或依賴細胞的修復機制。

重組酶是能夠在基因組中特定位置插入DNA的酶,無需像CRISPR那樣創建雙鏈斷裂。
然而,現有的重組酶存在限制——效率僅約5%,並且經常會擊中數百個非目標位點。

團隊制定了一項全面的工程策略,以提高效率和特異性,結合進化篩選以尋找更好的突變,機器學習以預測哪些突變能夠協同工作,並將酶融合到 dCas9 上,以引導其到達正確的位置。

他們測試了數千種突變,以確定哪些能改善酶的性能,然後使用計算模型來預測突變組合將如何影響性能,從而使他們能夠快速構建高度優化的變體。

最佳變體達到了97%的特異性和高達53%的效率,相較於起始酶,準確性提高了7.5倍,效率提高了12倍。
這意味著研究人員現在可以選擇針對最大效率、特異性或兩者之間平衡進行優化的變體。

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